Tiga Danau Kelimutu memiliki nama yang berbeda beda disesuaikan dengan warnanya. Tiga danau tersebut bernama Tiwi Ata Mbupu, Tiwu Nuwa Muri Koo Fai dan Tiwu Ata Polo.
Danau Tiwu Nuwa Muri Koo Fai (Danau Pemuda dan Gadis) memiliki kedalaman hingga 127 meter, paling dalam dibandingkan dengan dua danau lainnya. Sementara Tiwu Ata Polo memiliki kedalaman hingga 64 meter dan Tiwu Ata Mbupu (Danau orang tua) memiliki kedalaman hingga 67 meter.
Danau yang paling luas, Tiwu Nuwa Muri Koo Fai memiliki luas sekitar 5,5 hektar dengan warna khas hijau lumut. Danau Tiwu Ata Mbupu memiliki luas 4,5 hektar dengan warna hijau. Sedangkan danau Tiwu Ata Polo hanya seluas 4 hektar paling kecil diantara dua lainnya.
Danau yang paling sering menampakkan warna yang berbeda hingga 44 kali dari tahun 1915-2011 adalah danau Tiwu Ata Polo yang juga merupakan salah satu sumber air Sungai Ria Mbuli yang mengalir di sekitar Gunung Kelimutu.
Gunung Kelimutu tercatat meletus terakhir kalinya pada tahun 1968. Sedangkan perubahan warna pertama kalinya terjadi sejak setelah letusan pada tahun 1886.
Perubahan warna ketiga danau di Gunung Kelimutu menurut para ilmuwan disebabkan karena terjadinya perubahan gas gunung api. Perubahan tersebut juga bisa disebabkan karena zat besi dalam fluida yang menghasilkan warna merah dan cokelat tua.
Sedangkan warna hijau disebabkan biota alam seperti lumut-lumut yang berada di dalam danau. Erosi dinding danau juga bisa menyebabkan perubahan Danau Kelimutu.
Danau Kelimutu merupakan kawasan gunung api yang rawan sekali gempa bumi. Bahkan dinding-dinding pemisah antara ketiga danau bisa saja longsor. Sudut kemiringan dinding mencapai 70 derajat dengan ketinggian antara 50-150 meter.
Namun ancaman terbesar yang paling nyata adalah wisatawan yang berkunjung kerap kali membaca sampah dan tidak membawa sampahnya turun kembali.
Belum lagi pedagang-pedagang yang berjualan minuman plastik membuat daerah Danau Kelimutu semakin teracam dengan keberadaan sampah-sampah bekas pengunjung.
Nama Kelimutu sendiri berasal dari kata ‘keli’, yang berarti ‘gunung’, dan ‘mutu’, berarti ‘mendidih’.